Les Brown, une famille anglaise, croisent le chemin d'un ours en peluche dans une gare de Londres. Ils décident de l'accueillir dans leur maison. Paddington, qui parle comme un humain, prend vite ses marques mais commet aussi quelques bêtises...
Choyé par les Brown, Paddington est devenu la mascotte de son quartier londonien. Très attaché à sa tante Lucy, il veut trouver le cadeau parfait pour son anniversaire. Dans une librairie, il découvre un livre animé exceptionnel sur la ville de Londres...
Paddington rend visite à sa bien-aimée tante Lucy, qui réside désormais à la Maison des ours retraités au Pérou. La famille Brown et le sympathique ours vont vivre un voyage inattendu et plein de mystères à travers la forêt amazonienne.