En 2020, la Terre est sous le contrôle de hordes d'extraterrestres. Tandis que l'humanité lutte pour retrouver sa liberté, un homme, le colonel Cage, est tué lors d'une bataille. Par miracle, il se réveille et s'aperçoit qu'il a remonté le temps...
Pour savoir avec certitude si sa réalité propre est une construction physique ou mentale, et pour véritablement se connaître lui-même, M. Anderson alias Neo doit de nouveau suivre le lapin blanc au cœur de la Matrice...