En 2027, plus aucun enfant ne naît. Quand une femme tombe enceinte, elle devient la cible de tous. Theo, un homme désabusé, est chargé de l’accompagner et de la protéger dans un monde à l’agonie.
Les Machines préparent leur assaut contre Zion, dernier bastion de l'humanité. À l'intérieur de la forteresse, la résistance s'organise, mobilisant tout le monde. Pendant ce temps, dans le monde virtuel, l'agent Smith s'attaque à l'Oracle...
Rien ne s'est passé comme dans les livres d'Histoire : en 1985, les États-Unis ont gagné la guerre du Viêtnam. Par ailleurs, Nixon poursuit son cinquième mandat. Les anciens justiciers, bannis par le Président, craignent pour leur vie...
Dans une société dévastée par une guerre engagée par un gouvernement totalitaire, Theo sort tous les soirs clandestinement afin de dessiner sur les murs son idée de la liberté. Un soir, il rencontre Elia, une jeune fille qui dessine aussi.
En 2020, la Terre est sous le contrôle de hordes d'extraterrestres. Tandis que l'humanité lutte pour retrouver sa liberté, un homme, le colonel Cage, est tué lors d'une bataille. Par miracle, il se réveille et s'aperçoit qu'il a remonté le temps...