En 2977, Albator est un pirate de l'espace qui parcourt l'univers dans son croiseur de bataille, l'Arcadia, afin de piller les navires de Coalition corrompue de Gaia. Ezra, le chef de la flotte ennemie, charge son frère Logan d'assassiner le corsaire.
Deux hommes décident de lutter jusqu'à la mort contre une race extraterrestre hostile, les Humanoïdes, et de mettre un terme à l'asservissement de la planète.