Fin du XVIe siècle. Alors que les chrétiens subissent la persécution du pouvoir en place, Ogin, fille d'un illustre maître de thé, succombe aux charmes d'Ukon, valeureux guerrier guidé uniquement par sa foi et qui refuse ses avances...
Les tensions entre deux gangs rivaux éclatent au grand jour. Chaque chef désigne son champion : un ancien samouraï devenu pêcheur, porteur d’un lourd secret, et Zatoïchi, joueur invétéré et masseur, dont le sabre frappe avec la fulgurance de l’éclair.
Sur l'ïle d'Hirado, une baleine gigantesque devient l'obsession d'un petit village de pêcheurs. De génération en génération, ces derniers périssent sous l'assaut du "Dieu Baleine" et décident d'en finir et l'éliminer.