XVIIème siècle, deux jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor disparu, Ferreira. Au terme d’un dangereux voyage, ils devront mener dans la clandestinité une quête périlleuse qui les confrontera aux pires épreuves.
Un homme revêtu d'une soutane abat un avocat pour lui dérober son argent. Le soir du drame, l'assassin se confesse auprès du père Michael Logan, sur lequel se portent immédiatement les soupçons. Arrêté, mais lié par le secret de la confession, le père Logan se tait. Jusqu'à quand ?