À son arrivée dans la ville de Shimonita, Ichi apprend qu’un chef yakuza local a mis sa tête à prix. Pris au piège, il découvre qu’un ancien amour a été assassiné. Dévoré par la colère, il part affronter les meurtriers : un rōnin mercenaire et son clan.
Les tensions entre deux gangs rivaux éclatent au grand jour. Chaque chef désigne son champion : un ancien samouraï devenu pêcheur, porteur d’un lourd secret, et Zatoïchi, joueur invétéré et masseur, dont le sabre frappe avec la fulgurance de l’éclair.
Zatoïchi tente de se retirer dans son village natal, mais la violence le rattrape lorsqu'il se retrouve mêlé à un conflit entre un clan de yakuzas et des villageois opprimés.
Dans le Japon d'après-guerre, trois frères devenus malfrats par des chemins différents entrent dans une spirale de violence à la suite d'un "coup" organisé par l'un d'entre eux.
Hishakaku, accompagné de son amante Otoyo, déménagent à Tokyo. Alors qu'il prête serment auprès du clan Kogane, une guerre des gangs éclate. Son honneur sera rudement mis à l'épreuve.