Laura rachète l'orphelinat abandonné dans lequel elle a passé son enfance pour en faire un foyer pour enfants handicapés. La demeure réveille l'imagination de Simon, son fils, qui commence à se livrer à d'étranges jeux avec "ses amis"... Troublée, Laura se laisse alors aspirer dans l'univers de Simon, convaincue qu'un mystère longtemps refoulé est tapi dans l'orphelinat...
Durant la guerre civile espagnole, Carlos, douze ans, débarque à Santa Lucia, établissement catholique pour orphelins. Dès la première nuit, Carlos aperçoit le fantôme d'un enfant et s'efforce de communiquer avec lui.
Alice, une petite fille de deux ans, disparaît mystérieusement de la maternelle. Son père se lance à sa recherche. Il visionne et analyse systématiquement les bandes vidéos enregistrées par les caméras de surveillance de Lisbonne. Des milliers de visages d’enfants sont ainsi punaisés sur les murs de son appartement en quête obsessionnelle de celui d’Alice.