Au IVe siècle après Jésus-Christ, l'Egypte est sous la domination de l'Empire romain. A Alexandrie, l'astronome et philosophe Hypathie s'est réfugiée dans la Grande Bibliothèque. Elle tente, avec l'aide de deux de ses disciples, de sauver le bâtiment, menacé de destruction par les chrétiens...