Larry Stanziani, dit le "Cobra", autrefois l'un des meilleurs agents du FBI, est à présent détective privé. Son ancien patron lui demande de reprendre exceptionnellement du service et de démanteler un réseau de trafiquants de drogue, en Europe.
En 1978, à New York, l'agent spécial Joe Pistone est désigné par le FBI pour infiltrer une des familles les plus puissantes de la côte Est. Coupé de son milieu, Donnie va peu à peu s'identifier à ceux qu'il doit détruire.