Basée sur le film d'animation du même nom de 1998, la comédie musicale suit la vie de Moïse, du prince d'Égypte à son destin ultime de conduire les enfants d'Israël hors d'Égypte.
Tepulpaï et Naïra, deux petits indiens de la Cordillère des Andes, aux caractères opposés, partent à la poursuite de la Huaca, totem protecteur de leur village, confisqué par les Incas. Leur quête les mènera jusqu’à Cuzco, capitale royale assiégée par les conquistadors.