Contre l'avis de son mari, Rose décide d'emmener sa fille Sharon à Silent Hill, une ville abandonnée qui semble irrésistiblement attirer l'enfant. Mais, alors qu'elles pénètrent dans cet univers lugubre, Sharon disparaît.
Au milieu du XXIe siècle, Lincoln Six Echo et Jordan Two Delta vivent dans une colonie humaine préservée de la mystérieuse catastrophe qui a ravagé la planète. Lincoln souhaite échapper à cet univers surveillé pour gagner "l'île", une terre de liberté...