Dans un premier album, Persepolis 1, publié par L’Association en novembre 2000, Marjane retrace une partie de l’histoire de sa famille à travers le récit de ses dix premières années, jusqu’à la chute du régime du Shah et le début de la guerre Iran-Irak. Ce livre reçoit le prix du meilleur premier album au festival d’Angoulême. Dans Persepolis 2, paru en octobre 2001, elle raconte la guerre Iran-Irak et son adolescence jusqu’à son départ pour Vienne à l’âge de 14 ans. Persepolis 3 et Persepolis 4 racontent son exil en Autriche et son retour en Iran.

Elle a depuis publié deux autres albums Broderies et Poulet aux prunes. Ce dernier a reçu en 2005 le prix du meilleur album au festival d’Angoulême.

Elle a également publié des livres pour enfants notamment Sagesses et malices de la Perse en collaboration avec Lila Ibrahim-Ouali et Bahman Namwar-Motalg, Les Monstres n’aiment pas la Lune, Ulysse au pays des fous en collaboration avec Jean-Pierre Duffour parus en 2001 ; Ajdar paru en 2002 et Le Soupir paru en 2004.

En 2009, elle joue dans le film de Riad Sattouf, Les Beaux gosses, co-écrit les paroles de la chanson « Poney Rose » avec Philippe Katerine pour l’album Glamour à mort de Arielle Dombasle et illustre la pochette du disque de Iggy Pop, Les Préliminaires.

Poulet aux prunes est son second long-métrage co-réalisé avec Vincent Paronnaud après Persepolis (2006).