Un ancien toxicomane, à la vie confortable, revient à Edimbourg, la ville qu'il a quittée il y a vingt ans, et retrouve les trois amis qu'il avait trahis.
Dans un XXVème siècle apocalyptique, un groupe de rebelle envoie leur meilleur élément, Aeon Flux, assassiner un des plus hauts dirigeants du pouvoir en place.