De retour de leur lune de miel, Shrek et Fiona reçoivent une invitation des parents de la princesse, le roi Harold et la reine Lillian. L'accueil réservé aux jeunes mariés est glacial. Avec la complicité de la marraine de Fiona, le souverain est prêt à tout pour faire annuler le mariage de sa fille...

Shrek, un ogre vert aux manières d'ours, vit seul dans un marais pestilentiel. Un jour, il assiste, indigné, à l'invasion de son territoire par d'étranges créatures, expulsées d'un royaume voisin. Soucieux de récupérer ses terres, il rencontre lord Farquaad, responsable de cette expulsion...

C'est la consternation au royaume de Fort Fort Lointain. Le roi est mort sans désigner de successeur. Shrek se voit confier la mission de choisir celui qui montera sur le trône. Mais un fastidieux périple attend l'ogre vert, qui part sans tarder. Pendant ce temps, une menace plane sur le royaume...

Shrek s'est rangé. De l'ancien ogre mal léché, qui terrorisait le royaume, ne reste qu'un bon père de famille, doux comme un agneau, qui regrette sa vie d'avant. L'escroc Nain Tracassin lui propose un pacte censé lui rendre ce qu'il a perdu. Shrek accepte : il ne va pas tarder à le regretter...