Au zoo de Manhattan. Alex le lion, Marty le zèbre, Melman la girafe, et Gloria l'hippopotame sont inséparables et satisfaits. Mais Marty, qui rêve de grands espaces, s'évade. Ses amis le suivent. Rattrapés par les forces de l'ordre, ils se retrouvent sur un cargo en partance pour Madagascar...

Echoués à Madagascar, Alex, Marty, Melman et Gloria tentent de rentrer à New York. Ils embarquent à bord d'un avion rafistolé par les pingouins, qui se pose en catastrophe en plein coeur d'une réserve africaine. Les rescapés font la connaissance de leurs congénères et Alex retrouve ses parents...

La Famadihana, coutume malgache qui signifie retournement des morts donne lieu à d’importantes festivités, des danses et des sacrifices de zébus, mais démontre surtout l’importance du culte des anciens dans la société malgache. L’histoire est racontée en carnet de voyage, retraçant le parcours d’un voyageur occidental confronté à ces différentes coutumes.

Ses multiples aventures africaines désormais derrière elle, la bande d'amis, notamment composée d'Alex le lion, tente de rejoindre les Etats-Unis. Une petite erreur de parcours les oblige à faire étape en Europe. Là, ils essaient de trouver un moyen de rentrer, mais se retrouvent poursuivis par la police...

Commandant, Kowalski, Rico et Soldat, des frères pingouins, sont capturés par le docteur Octavius, un poulpe redoutable, qui veut se venger d'eux et de leurs semblables. Mais les quatre valeureux animaux, qui sont en réalité des agents secrets et entendent bien libérer la planète de cet odieux personnage...

Un voyage à travers les contes et les légendes. Un périple entre le réel et l’imaginaire à Madagascar. Une vision impressionniste et subjective, teintée d’humour et de tendresse, qui prend le parti de la tradition orale pour raconter et découvrir Madagascar.