Lena, biologiste et ancienne militaire, participe à une mission destinée à comprendre ce qui est arrivé à son mari. Ils découvrent que paysages et créatures ont subi des mutations. Malgré la beauté des lieux, le danger règne et menace leur vie.
A peine revenus sur la Terre, victorieux du Mortal Kombat, les guerriers réunis par Raiden, Dieu du tonnerre et des éclairs, déchantent: le ciel se déchire et de sombres créatures en descendent. A leur tête, l'empereur d'Outremonde, Shao-Kahn lui-même.