Quatre ans après les événements mouvementés de "Transformers : La Face cachée de la Lune", un groupe de puissants scientifiques cherche à repousser, via des Transformers, les limites de la technologie.
Les Decepticons parviennent à ressusciter leur chef et décident de prendre leur revanche sur les humains. Sam se retrouve à nouveau au centre du conflit.
Un événement mystérieux lié à notre passé éclate au grand jour. C’est la guerre qui menace aujourd’hui notre Terre ; une guerre d’une telle ampleur que l’aide des Transformers pourrait, cette fois, ne pas suffire à nous sauver.