Tokyo, dans un futur proche. Deux amis inséparables prennent un malin plaisir à perturber l'ordre établi dans leur lycée. Après un mauvais coup de trop, la direction place l'établissement sous le contrôle d'une intelligence artificielle de surveillance...
Un prêtre, des étudiants et quelques scientifiques entreprennent de mettre à jour le secret contenu dans un mystérieux coffret gardé depuis des siècles par une secte religieuse.
1999. La fin du règne de la princesse Millenium approche. Les habitants humanoïdes de la planète Râmetal se réveillent de leur long sommeil et leur planète quitte son orbite pour se diriger sur la Terre.
Des scientifiques découvrent qu'un gigantesque tremblement de terre est susceptible de diviser l'Amérique du Nord en deux. Sismologues et agents du gouvernement conjuguent leurs efforts pour tâcher d'empêcher la catastrophe.