Dans un futur proche. La prison de San Tiburon, qui héberge des super-vilains, est le pénitencier le plus dangereux au monde. L'arrivée d'un nouveau prisonnier met le feu aux poudres...
En l'an 2001, en direction de Jupiter. Deux hommes vaquent à leurs tâches quotidiennes sous le contrôle de HAL 9000, un ordinateur exceptionnel doué d'intelligence et de parole. Cependant, HAL commence à donner des signes d'inquiétude sur leur mission.
Kamen Rider V3, qui tente de protéger une famille contre Destron, est surpassé en nombre par les soldats de ce dernier et le Dr. G.. Kamen Rider 1 et 2 viennent alors à son secours.