Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de l’organisation Men In Black.
Des hordes de créatures monstrueuses, les «Kaiju», ont déclenché une guerre qui a fait des millions de victimes. Pour les combattre, des robots appelés Jaegers ont été élaborés. Deux pilotes sont réunis pour les manipuler et sauver le monde.