Les Machines préparent leur assaut contre Zion, dernier bastion de l'humanité. À l'intérieur de la forteresse, la résistance s'organise, mobilisant tout le monde. Pendant ce temps, dans le monde virtuel, l'agent Smith s'attaque à l'Oracle...
La guerre contre les machines s'est intensifiée. Une terrifiante nouvelle tombe : des milliers de sentinelles vont bientôt débarquer, chargées de détruire ce qui reste de vie sur Terre. Neo, l'Elu, a 72 heures pour empêcher cette catastrophe...
Dans un futur proche, un jeune programmeur, Thomas Anderson, mène une vie routinière entre son travail «officiel», plutôt assommant, et ses activités nocturnes de pirate informatique, qu'il mène sous le pseudonyme de Neo. Un jour, un certain Morpheus le contacte, l'invitant à aller au-delà des apparences pour découvrir «la Matrice»...
Alors que l'Angleterre a sombré dans le fascisme, un homme, agissant sous l'identité mystérieuse de "V", tente de déstabiliser le régime. Un soir, il secourt la jeune Evey Hammond. La police secrète la suspecte alors d'être sa complice.
Ulyx, un robot de piscine rigoureux, passe son temps à nettoyer la piscine de sa maison. Lassé par cette routine, il rêve chaque soir de liberté en observant l'océan depuis son jardin. Un jour, une tempête éclate, lui permettant de s'enfuir.
Après avoir prélevé des échantillons provenant de la Lune, une équipe d'astronautes regagne sa station orbitale, mais elle ne revient pas seule. Un virus prend le contrôle d'un des membres de l'équipage...
Dans un futur proche, une mystérieuse lune rouge est exploitée à outrance pour son énergie. Alors qu’elle change brusquement de trajectoire et fonce droit sur la Terre, Paul W.R, le seul astronaute capable de la détruire, refuse d’accomplir cette mission.
À travers une histoire qui se déroule sur cinq siècles dans plusieurs espaces temps, des êtres se croisent et se retrouvent d’une vie à l’autre, naissant et renaissant successivement…