Au milieu du XXIe siècle, Lincoln Six Echo et Jordan Two Delta vivent dans une colonie humaine préservée de la mystérieuse catastrophe qui a ravagé la planète. Lincoln souhaite échapper à cet univers surveillé pour gagner "l'île", une terre de liberté...
John Murdoch se réveille dans une chambre d'hôtel et découvre à ses côtés le cadavre d'une femme. Il ne se souvient de rien. Traqué par la police et poursuivi par des êtres mystérieux aux pouvoirs terrifiants, il cherche à retrouver son identité.