Sur Cybertron, Orion Pax et D-16, deux robots employés dans une mine d'energon, découvrent un indice crucial qui pourrait leur permettre d'élucider la disparition de la "Matrice du Commandement"...
Lors d'un tour du monde en voilier, Michael, 11 ans, et sa chienne Stella sont emportés par une vague. À son réveil, il découvre qu'ils sont échoués sur une île qu'il croit déserte.