Suite à une insurrection avortée, le leader Shiro Amakusa est crucifié. Rongé par la haine, il se réincarne en démon et, afin d'obtenir sa vengeance, ressuscite les meilleurs combattants de l'histoire du Japon.
Japon, 1624. Empoisonné, le vieux Shogun Hidetada laisse sa succession aux rivalités fratricides de deux héritiers: Iemitsu, affublé d'un bégaiement et d'une marque de naissance disgracieuse, et Tadanaga, le favori de leur mère et du très influent seigneur Owari.
1876. Le capitaine Nathan Algren est ressorti traumatisé de la guerre de Sécession. Envoyé en mission au Japon par son pire ennemi, il est chargé de mater la rébellion du samouraï Katsumoto et de ses hommes, qui refusent l'ordre "moderne" que veut instaurer le jeune empereur. Mais bien vite, le capitaine se retrouve pris entre deux feux, au cœur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.