Zatoïchi tente de se retirer dans son village natal, mais la violence le rattrape lorsqu'il se retrouve mêlé à un conflit entre un clan de yakuzas et des villageois opprimés.
XVIIème siècle, deux jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor disparu, Ferreira. Au terme d’un dangereux voyage, ils devront mener dans la clandestinité une quête périlleuse qui les confrontera aux pires épreuves.