Les Machines préparent leur assaut contre Zion, dernier bastion de l'humanité. À l'intérieur de la forteresse, la résistance s'organise, mobilisant tout le monde. Pendant ce temps, dans le monde virtuel, l'agent Smith s'attaque à l'Oracle...
Un vaisseau extraterrestre s'écrase en pleine campagne. Le professeur Solmi, sa fille, et son assistant se rendent sur place et se font capturer par les aliens.Les extraterrestres veulent les emmener vers leur planète, mais le trajet spatial ne se déroulera pas comme prévu...