A peine revenus sur la Terre, victorieux du Mortal Kombat, les guerriers réunis par Raiden, Dieu du tonnerre et des éclairs, déchantent: le ciel se déchire et de sombres créatures en descendent. A leur tête, l'empereur d'Outremonde, Shao-Kahn lui-même.
Après la mort de son père, scientifique de renom, Jerry Cornelius revient à Londres pour le venger. Il s'oppose à son frère Frank qui a enlevé sa sœur Catherine. Il s'associe alors à l’étrange et inquiétante madame Brunner qui veut à tout prix récupérer un microfilm laissé par le père de Jerry. Cette dernière a un objectif, créer un monstre hermaphrodite iconique.