Dans un avenir proche, le Japon est victime d’attaques terroristes sur ses centrales nucléaires. Irradié, le pays est peu à peu évacué vers les États voisins. Tania, atteinte d’une longue maladie et originaire d’Afrique du Sud, attend son ordre d’évacuation dans une petite maison perdue dans les montagnes. Elle est veillée par Leona, son androïde de première génération que lui a offert son père.
Hiroshi vit dans une banlieue de Tokyo avec ses parents et son jeune frère. Un soir à son retour de l’école, il s’enferme dans sa chambre et pendant deux ans refusera d’en sortir et d’y laisser entrer qui que ce soit.
Sur l’île d’Amami, les habitants vivent en harmonie avec la nature, ils pensent qu’un dieu habite chaque arbre, chaque pierre et chaque plante. Un soir d'été, Kaito découvre le corps d’un homme flottant dans la mer, sa jeune amie Kyoko va l’aider à percer ce mystère. Ensemble, ils apprennent à devenir adultes et découvrent les cycles de la vie, de la mort et de l’amour...
Ash, une joueuse chevronnée, a toujours su prendre ses distances avec Avalon, un jeu vidéo illégal sur lequel les joueurs branchent directement leur cerveau et qui provoque des comportements addictifs : mais lorsque Murphy, son copain, se fait griller les neurones par Ghost, le chasseur virtuel du programme, le face-à-face entre Ash et Ghost devient inéluctable...
Oscar et sa sœur Linda habitent Tokyo. Oscar survit de petits deals de drogue, Linda est stripteaseuse dans une boite de nuit. Un soir, lors d'une descente de police, Oscar est touché par une balle. Tandis qu'il agonise, son esprit, fidèle à la promesse faite à sa sœur de ne jamais l'abandonner, refuse de quitter le monde des vivants...
Eté 1945 : le Japon est occupé. Le Soleil retrace les événements intervenus entre deux décisions historiques prises par l'empereur Hiro Hito : la reddition sans condition de son pays face aux Alliés et la renonciation à son ascendance divine. Le cinéaste russe Sokourov fait le portrait de ces heures historiques en esthète et philosophe de la condition humaine.