Quand l’agent spécial Scott Wheeler se réveille, il est blessé et menotté à une chaise. Son compagnon de cellule lui apprend qu'ils sont détenus dans un sous-marin nucléaire, à 1500 mètres de profondeur...
Après que les identités de leurs agents aient été révélées par un hacker, les services secrets britanniques font appel à leur élément le plus maladroit : Johnny English. Un agent peu à l'aise avec les technologies et qui accumule les gaffes.