A peine installés au Royaume Champignon, Mario et Luigi reprennent du service après avoir reçu un appel à l'aide. La princesse Harmonie, la gardienne de l'univers, a en effet été kidnappée par le fils de Bowser.
Grâce au Pacte Végétarien, tous les animaux vivent en paix. Tous sauf un : la hyène Crevel qui n'arrive pas à digérer l'idée de ne plus manger de la viande. Décidée à calmer son appétit, elle va une nuit au cimetière pour manger des cadavres. Mais, à sa grande surprise, il ne reste aucun! Le lion Pérsicus et son conseiller, le tigre Altaicus, en sont les responsables. Une lutte animale commence.