Valérie et Rémi sont attablés dans un café. Quoique très jeune, Valérie veut garder l'enfant qu'elle porte. Rémi lui objecte la fragilité de leur situation conjugale et financière. Valérie n'en a cure. Elle veut cet enfant. Désorienté, Rémi tente de comprendre. Valérie rompt en lisière et se lève. Elle donne rendez-vous à Rémi, dans une heure à la même place.
Le détective Pikachu, devenu amnésique, se lance à la recherche de son partenaire Harry Goodman. Avec Tim, le fils de son ami, il croise plusieurs personnages Pokémon, plus ou moins belliqueux et découvrent qu'un complot menace l'amitié entre humains et les créatures extraordinaires...