1876. Le capitaine Nathan Algren est ressorti traumatisé de la guerre de Sécession. Envoyé en mission au Japon par son pire ennemi, il est chargé de mater la rébellion du samouraï Katsumoto et de ses hommes, qui refusent l'ordre "moderne" que veut instaurer le jeune empereur. Mais bien vite, le capitaine se retrouve pris entre deux feux, au cœur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.
Voulant mourir dignement, Hanshiro, un samouraï sans ressources, demande à accomplir un suicide rituel dans la résidence du clan Li, dirigé par le chef Kageyu. Essayant de décourager Hanshiro, Kageyu lui conte l’histoire tragique d’un jeune ronin, Motome, venu récemment avec la même requête.