Namir part en Egypte, son pays d’origine, faire un film sur les apparitions de la Vierge au sein de la communauté copte chrétienne. Très vite l’enquête sert de prétexte pour impliquer tout le village dans une rocambolesque mise en scène…
Les apparitions magiques de sa femme défunte et de son fils disparu depuis des années confirment à Oncle Boonmee que sa fin est proche. Dans son domaine apicole, entouré des siens, il se souvient alors de ses vies antérieures...