Saga familiale basée sur des images d’archives privées qui s’étalent sur trois générations, "Madame" crée un dialogue entre Caroline, une grand-mère au caractère flamboyant, et son petit-fils cinéaste Stéphane, dialogue durant lequel les tabous de la sexualité et du genre sont remis en question dans un monde patriarcal a priori hostile à la différence.
En 1877, en Suisse. Dans une horlogerie suisse où commencent à poindre les bouleversements sociaux, Josephine, une jeune ouvrière, fabricante du balancier, se retrouve mêlée à un mouvement local d’horlogers anarchistes où elle rencontre Pierre Kropotkine.
Deux voyages. Deux légendes. Quatre destins croisés. Au Japon, Nakata prend la route pour remettre sa démission. Il rencontre Ellen, une mystérieuse jeune femme qui cherche à quitter Tokyo. Ben, le frère d’Ellen, remonte la côte Ouest des Etats-Unis vers les falaises de Big Sur. Il rencontre Sarah qui fuit Las Vegas en auto-stop pour refaire sa vie ailleurs.