Ghost Dog vit au milieu d'une volée de pigeons, sur le toit d'un immeuble abandonné. Bercé par un ancien texte samouraï, Ghost Dog est un tueur professionnel qui vénère un livre : "Hagakure".
Frank Weber est policier. Lorsque sa petite amie, Alice, tue l'homme qui tente de la violer, c'est à lui que revient l'enquête. Il découvre qu'Alice a commis le crime, qu'elle allait le tromper et que, désormais, quelqu'un essaie de la faire chanter...
À la fin de la guerre, un manchot arrive à Black Rock pour remettre au père d'un nippo-américain, qui lui a sauvé la vie, la médaille que son fils a gagnée avant de mourir, mais un lourd secret plane sur la petite bourgade, et l'homme rencontre bientôt l'hostilité des habitants...