Ghost Dog vit au milieu d'une volée de pigeons, sur le toit d'un immeuble abandonné. Bercé par un ancien texte samouraï, Ghost Dog est un tueur professionnel qui vénère un livre : "Hagakure".
Leo revient de prison. Le nouveau mari de sa tante lui offre un travail dans sa société et Willie, le fiancé de sa cousine, lui aussi employé, l'initie à leurs méthodes douteuses. Lors d'une opération de sabotage, Willie tue un gardien de nuit et Leo blesse un policier qui tombe dans le coma. Leo, soupçonné du meurtre, devient alors gênant pour les siens qui craignent le réveil du policier.