A travers un montage d'archives, Gianfranco Rosi retrace l'itinéraire du pape, témoin de la misère du monde et toujours plus conscient des limites du réconfort de ses paroles.
En 1617, l'abbé Vincent de Paul quitte la famille de Gondi, où il était précepteur, pour se consacrer aux pauvres et aux déshérités. Sa nouvelle paroisse se trouve dans les Dombes, où sévit une épidémie de peste....
Un prêtre assiste, impuissant et désemparé, à la désacralisation de son église. C'est alors qu'un groupe d'immigrés trouve refuge dans le bâtiment. Hôte involontaire de ces clandestins, il s'interroge sur la foi et le sens de sa mission.
Franz Jägerstätter, paysan autrichien, refuse de se battre aux côtés des nazis. Reconnu coupable de trahison par le régime hitlérien, il est passible de la peine capitale. Mais porté par sa foi inébranlable et son amour pour sa femme, Fani, et ses enfants, Franz reste un homme libre.
Au IXème siècle, en Angleterre, le jeune Alfred s'apprête à rejoindre les ordres. Mais en voyant le saccage des terres par les Vikings, Alfred prend les armes. Il enchaîne les victoires contre l'ennemi mais ne tarde pas à être tiraillé entre sa foi et sa soif de sang grandissante...