En 1943. Yves et Marc Toledano, résistants, sont arrêtés par les nazis, torturés puis jetés dans un cachot. Souffrants, ils voient arriver un frère franciscain, qui soigne leurs blessures et leur prodigue des paroles réconfortantes...
1944, Julien est pensionnaire dans un collège catholique. Il découvre Bonnet, un nouveau venu, fier et mystérieux. Les deux camarades se lient d'amitié et partagent un secret - Bonnet est juif - alors que l'ombre de la Gestapo plane sur l'établissement.
En 1945, Mathilde Beaulieu travaille pour la Croix rouge. Une nonne lui demande de l'aide. Mathilde découvre que l'une des sœurs est sur le point d'accoucher...
Franz Jägerstätter, paysan autrichien, refuse de se battre aux côtés des nazis. Reconnu coupable de trahison par le régime hitlérien, il est passible de la peine capitale. Mais porté par sa foi inébranlable et son amour pour sa femme, Fani, et ses enfants, Franz reste un homme libre.
Durant la seconde guerre mondiale, un jeune déserteur polonais trouve refuge dans un monastère franciscain, protégé par le vœu de silence. Ses dons d’organiste fascinent la ville entière, mais les rapports se tendent entre les autorités locales fascistes et l’abbé, qui entend répandre cette beauté divine sur toute la population.