Saga familiale basée sur des images d’archives privées qui s’étalent sur trois générations, "Madame" crée un dialogue entre Caroline, une grand-mère au caractère flamboyant, et son petit-fils cinéaste Stéphane, dialogue durant lequel les tabous de la sexualité et du genre sont remis en question dans un monde patriarcal a priori hostile à la différence.
Au XIXe siècle, les désillusions et la déchéance d'Emma Bovary, une jeune femme romantique. Épouse d'un médecin ennuyeux, elle tombe amoureuse d'un séducteur, qui devient son amant.