A peine installés au Royaume Champignon, Mario et Luigi reprennent du service après avoir reçu un appel à l'aide. La princesse Harmonie, la gardienne de l'univers, a en effet été kidnappée par le fils de Bowser.
Le train à grande vitesse reliant Tokyo à Hakata vient de quitter la gare avec une bombe à bord. L'engin explosera si la vitesse du train descend en dessous de 80 km/h, à moins que la rançon exigée soit versée...