Los Angeles, 30 décembre 1999. Une nouvelle technologie permet de vivre virtuellement toutes les formes de plaisirs et de déviances. Lenny Nero, un trafiquant de ces clips clandestins, tombe sur l’enregistrement d’un meurtre d’une violence inouïe.
A peine installés au Royaume Champignon, Mario et Luigi reprennent du service après avoir reçu un appel à l'aide. La princesse Harmonie, la gardienne de l'univers, a en effet été kidnappée par le fils de Bowser.