Billy Tyne, un marin-pêcheur, n'a plus la main. Son employeur lui annonce qu'il doit apporter un bon tonnage d'espadons lors de sa prochaine campagne de pêche. Pour éviter d'être renvoyé, Billy part à nouveau en mer, bien plus loin que les grands bancs...
Bien décidé à prouver à monsieur Krabs qu'il est désormais un grand garçon, Bob se lance dans une grande épopée sur les traces du Hollandais Volant, un redoutable pirate fantôme qui hante les profondeurs sous-marines.