À la fin de la guerre, Murphy a vu son sous-marin torpillé par les Allemands. Il est désormais le seul survivant de l'équipage et échoue sur une île isolée. Son chemin croise bientôt celui de l'administrateur de l'île
De multiples attaques sont menées à l'encontre de plusieurs îles d'East Blue. Décidés à découvrir l'instigateur de celles-ci, l'équipage du Chapeau de paille font cap vers la zone maritime...