Emma, jeune cheffe d’orchestre, a une relation complexe avec son père et agent Patrick. Sur le point d’obtenir un poste prestigieux, elle devra faire des choix, à la fois pour la musique qui conduit sa vie et pour sa relation amoureuse avec Naelle...
Axun, une femme de 70 ans se rend à l'hôpital pour s'occuper de l'ex-mari de sa fille. Elle découvre que la femme qui s'occupe du malade du lit voisin est Maïté, sa meilleure amie d'adolescence. Elles profitent de leurs retrouvailles jusqu'à ce que Axun s'aperçoive que Maïté est plutôt attirée par les femmes... Chacune devra alors affronter des sentiments divergents.
Anaïs, jeune et talentueuse actrice de théâtre, est si investie dans le rôle qu'elle travaille que sa relation avec son mentor et réalisateur devient impossible. Après une énième dispute, elle décide de tout quitter et part pour Londres marcher dans les pas de son héroïne, Sarah Kane, l'auteure de la pièce qu'elle doit jouer. À son retour en France, bouleversée, elle décide de repartir de zéro...
Au travers d'entretiens avec des artistes, théoriciennes et activistes, Mutantes dessine les contours d’un féminisme, dont on a peu parlé en France, qui revendique une liberté sexuelle totale , à l'instar du mouvement féministe "pro-sexe" né dans les années 80 aux États-Unis.