Dans le New York des années 1950, Therese, jeune employée d’un grand magasin de Manhattan, fait la connaissance d’une cliente distinguée, Carol, femme séduisante, prisonnière d'un mariage peu heureux.
Au travers d'entretiens avec des artistes, théoriciennes et activistes, Mutantes dessine les contours d’un féminisme, dont on a peu parlé en France, qui revendique une liberté sexuelle totale , à l'instar du mouvement féministe "pro-sexe" né dans les années 80 aux États-Unis.