Octobre 1944, Auschwitz-Birkenau. Membre du Sonderkommando, ce groupe de prisonniers juifs forcé d’assister les nazis dans leur plan d’extermination, Saul travaille dans l’un des crématoriums quand il découvre le cadavre d’un garçon.
New York 1940. Naguère persécuté en Autriche en tant que juif, puis stigmatisé comme immigré à New York, Freddy Wolff est désormais assimilé à l’ennemi allemand dès l’entrée en guerre des États-Unis. Il décide alors de s’engager dans l’armée américaine pour regagner l’Europe et combattre le nazisme.
1942. Evadé du Ghetto de Varsovie, un jeune garçon juif polonais se cache dans la forêt, trouve un refuge puis doit bientôt fuir de ferme en ferme. Pour survivre, il en oublie son nom, cachant qu’il est juif... Adaptant le best-seller de Uri Orlev, d'après une histoire vraie, le cinéaste a voulu créer un film sur la Shoah que, à l'égal des adultes, les enfants aussi pourraient voir.
Pendant la guerre, un jeune juif est contraint d'épouser l'idéologie communiste lorsqu'il fuit en Union soviétique, puis celle du nazisme lorsque les Allemands envahissent l'orphelinat où il est réfugié. Il en oublie sa propre identité...
Jozef vient voir son père en traitement dans un sanatorium, où le Dr. Gotard entretient une très mystérieuse atmosphère. Dès que l’on y pénètre, on entre dans un monde de fantaisie issu du subconscient.
Brésil, 1970, la Coupe du Monde de football bat son plein et le régime politique se durcit. C’est dans ce contexte chaotique que les parents de Mauro, 12 ans, décident de « partir en vacances ». En réalité ils fuient la dictature et confient leur fils à son grand-père. Mais celui-ci n’est pas au rendez-vous et Mauro est recueilli par la communauté haute en couleur du quartier juif de Sao Paulo.