The End of Evangelion est un film divisé en deux parties proposant une version alternative des épisodes 25 et 26 de Neon Genesis Evangelion, épisodes finaux de la série qui ont suscité de nombreuses réactions de mécontentement chez les fans.
Dans ce dernier chapitre de la trilogie, un renégat réussi à assiéger la capitale et réclame la tête de Kenshin, le héros de la restauration. Pour sauver la ville, le premier ministre plie sous la menace et déclare hors la loi la plus grande légende de l'ère Meiji.