Tokyo, dans un futur proche. Deux amis inséparables prennent un malin plaisir à perturber l'ordre établi dans leur lycée. Après un mauvais coup de trop, la direction place l'établissement sous le contrôle d'une intelligence artificielle de surveillance...
Sano est de retour à lzu, sur le littoral japonais. Il est en quête d'un signe, d'une trace, de quelque chose qui pourrait attester d'un événement survenu ici, en réincarner le souvenir.
A l'aube de la Seconde guerre mondiale, Ryuko est choisie par les autorités japonaises pour devenir l'épouse du frère de l'empereur de Mandchourie. Elle se plie avec joie à l'idée de quitter son île pour vivre sa vie de princesse...
1999. La fin du règne de la princesse Millenium approche. Les habitants humanoïdes de la planète Râmetal se réveillent de leur long sommeil et leur planète quitte son orbite pour se diriger sur la Terre.
Le village d'Ashitaka est attaqué par un sanglier rendu fou par la colère et la douleur. Touché par le sanglier qu'il a tué, Ashitaka est forcé de partir à la recherche du dieu Cerf pour lever la malédiction qui lui gangrène le bras.
Adapté d’un conte populaire japonais, "Le Couper de bambou", un des textes fondateurs de la littérature japonaise, l'histoire de la princesse Kaguya, découverte dans la tige d'un bambou par des paysans.