Dans ce dernier chapitre de la trilogie, un renégat réussi à assiéger la capitale et réclame la tête de Kenshin, le héros de la restauration. Pour sauver la ville, le premier ministre plie sous la menace et déclare hors la loi la plus grande légende de l'ère Meiji.
À son arrivée dans la ville de Shimonita, Ichi apprend qu’un chef yakuza local a mis sa tête à prix. Pris au piège, il découvre qu’un ancien amour a été assassiné. Dévoré par la colère, il part affronter les meurtriers : un rōnin mercenaire et son clan.
Les tensions entre deux gangs rivaux éclatent au grand jour. Chaque chef désigne son champion : un ancien samouraï devenu pêcheur, porteur d’un lourd secret, et Zatoïchi, joueur invétéré et masseur, dont le sabre frappe avec la fulgurance de l’éclair.
Zatoïchi tente de se retirer dans son village natal, mais la violence le rattrape lorsqu'il se retrouve mêlé à un conflit entre un clan de yakuzas et des villageois opprimés.
Mike Yokohama est un détective privé, cynique et blagueur, engagé par le père d’une jeune femme qui a quitté la ville pour se rendre dans une maison reculée où elle effectue une retraite . Il doit l'en faire sortir à temps pour son mariage. A son arrivée, l’énigmatique docteur qui dirige la maison lui indique un lieu dans la forêt, où se trouve un arbre qui lui ressemble.
Lorsque la comète Répulse passe dans le ciel, Eris, la déesse de la discorde ressuscite sous la forme d'une pomme d'or, pour apporter le malheur et la désolation. La déesse Athéna, protégée par ses chevaliers, doit intervenir.
Akane se rend dans la boutique d'antiquités de sa tante pour y choisir un cadeau. Surgit soudain un homme très mystérieux : Hippocrate l'alchimiste. Il pense qu'Akane est la déesse verte et qu'elle peut l'aider à sauver son pays...
Arsène Lupin III et ses compagnons se mettent à la recherche d'une "île mystérieuse" absente de toutes les cartes pour mettre la main sur son trésor. Mais leur avion est pris pour cible par des snipers et s'écrase sur l'île...
Koji Wakamatsu, enfant terrible du cinéma japonais, revient sur une prise d'otage notoire où, en 1972, une aubergiste fut retenue par cinq étudiants de l'Armée Rouge Unifiée, mouvement d'extrême-gauche prônant la lutte armée... Un docu-fiction sur une musique psychédélique électrisante signée Jim O'Rourke (Sonic Youth), illustre la radicalisation des universités au Japon dans les années 1960.